An der Katholisch-Theologischen Fakultät werden drei Doktoratsstudiengänge angeboten:

• Das Doktoratsstudium Katholische Theologie steht AbsolventInnen des Diplomstudiums Katholische Fachtheologie offen.
• Das PhD-Studium Theological Studies richtet sich an Studierende mit nicht-theologischen Vorstudien.
• Außerdem gibt es die Möglichkeit, das Doktoratsstudium der Philosophie in Geistes- und Kulturwissenschaften, Philosophie und Bildungswissenschaft im Bereich der Religionswissenschaft zu belegen.