Im Bereich der Interdisziplinären Studien bietet die Fakultät das Masterstudium Theologische Spezialisierung an, welches auch von Studierenden mit nicht-theologischem Studium gewählt werden kann, um sich in einem interdisziplinären Gebiet der Theologie zu vertiefen (z. B. Religionsphilosophie, Medizinethik, Fragen des Religionenrechts usw.). Für Studierenden mit kirchlichem Bakkalaureat bietet das Masterstudium die Möglichkeit, den Studienverlauf so zu gestalten, dass der Abschluss einem kirchlichen Lizentiatsstudium gleichwertig ist. Im Doktoratbereich wird das PhD-Studium Studies angeboten.

Ab dem Wintersemester 2025 bietet die Universität Wien an der Evangelisch-Theologischen Fakultät in Kooperation mit der Katholisch-Theologischen Fakultät ein neues englischsprachiges Masterstudium „Religion in Europe“ an, das sich aus interdisziplinärer Perspektive den ethischen, ästhetischen und Sinnpotentialen von Religion und Religionsgemeinschaften in den Gesellschaften Europas widmet und dabei Reflexions-, Diskurs- und Handlungskompetenzen in Bezug auf religionsbezogene gesellschaftliche und politische Fragestellungen vermittelt.